Ο Χόρχε Μπεργκόλιο έχει καταγγελθεί για «ένοχη σιωπή» κατά τη διάρκεια του «βρόμικου πολέμου» των δολοφονιών και των απαγωγών που πραγματοποίησε το αιμοσταγές καθεστώς του στρατηγού Χόρχε Ραφαέλ Βιντέλα.
Η βασική καταγγελία είναι η εμπλοκή του στην υπόθεση της απαγωγής δύο ιησουϊτών ιερέων, για την οποία όμως, όπως γράφει η βρετανική εφημερίδα Guardian, πολλά ντοκουμέντα έχουν καταστραφεί και βασικοί μάρτυρες έχουν αποβιώσει. Ο Ορλάντο Γιόριο και ο Φρανσίσκο Γιάλικς είχαν απαχθεί, λόγω του ιεραποστολικού τους έργου σε φτωχογειτονιές της χώρας, από αξιωματικούς του Ναυτικού τον Μάιο του 1976 και είχαν κρατηθεί και βασανιστεί υπό απάνθρωπες συνθήκες. Τελικά, βρεθηκαν αμφότεροι, ύστερα από πέντε μήνες, σε άθλια κατάσταση, ημίγυμνοι και παραμορφωμένοι από τα βασανιστήρια.
Σύμφωνα με τον αργεντινό δημοσιογράφο Οράσιο Βερμπίτσκι που είναι δριμύς επικριτής του σημερινού πάπα, ο Μπεργκόλιο απέσυρε την προστασία από τους δύο ιερείς, αφήνοντας στα όργανα της χούντας ανοικτό το πεδίο για την απαγωγή και το βασανισμό τους. Οι ισχυρισμοί αυτοί προέρχονται από τον Γιάλικς, ο οποίος απελευθερώθηκε μετά το βασανισμό του και πήγε σε ένα μοναστήρι στη Γερμανία και περιέχονται στο βιβλίο του Βερμπίτσκι με τον τίτλο «El Silencio» (Η Σιωπή).
Ο πρώην αρχιεπίσκοπος του Μπουένος Αϊρες είχε αποκαλέσει τις κατηγορίες «συκοφαντικές» και ισχυρίστηκε ότι όχι μόνο δεν συνεργάστηκε με τη δικτατορία του Βιντέλα, αλλά αντιθέτως λειτούργησε πολλάκις παρασκηνιακά ώστε να σώσει τις ζωές τόσο των δύο ιερέων όσο και πολλών άλλων που έκρυβε από τις δυνάμεις της χούντας. Σε μία περίπτωση ισχυρίζεται ότι έδωσε την ίδια του την ταυτότητα σε έναν αντιφρονούντα που του έμοιαζε, έτσι ώστε να φύγει από τη χώρα.
Ως επικεφαλής των Ιησουϊτών της Αργεντινής από το 1973 έως το 1979, ο Μπεργκόλιο ήταν μέλος της τοπικής καθολικής εκκλησίας η ηγεσία της οποίας υποστήριζε τη χούντα και στα κηρύγματά της καλούσε τους πιστούς να φερθούν «πατριωτικά». Ο νυν πάπας αρνήθηκε δύο φορές να καταθέσει στο δικαστήριο σχετικά με τον ρόλο του ως επικεφαλής των Ιησουϊτών κι όταν τελικά εμφανίστηκε ενώπιον του δικαστηρίου το 2010, δήλωσε άγνοια για όλα όσα του απέδιδαν, ισχυριζόμενος ότι πληροφορήθηκε για τα βασανιστήρια «πολύ αργότερα», το 1985.
«Ο Μπεργκόλιο είναι ένας άνθρωπος της εξουσίας και ξέρει πώς να τοποθετεί τον εαυτό του ανάμεσα στους ισχυρούς. Εχω πολλές αμφιβολίες για το ρόλο του όσον αφορά στους Ιησουΐτες ιερείς που εξαφανίστηκαν στη δικτατορία», δήλωσε ο Εδουάρδο Ντε Λα Σέρνα, συντονιστής μιας ομάδας αριστερών ιερέων που βοηθούν τους φτωχούς.
Ωστόσο, όπως αναφέρεται σε ρεπορτάζ της η Guardian, η αλήθεια μάλλον δεν θα γίνει ποτέ γνωστή, καθώς «οι αποδείξεις είναι θολές, αφενός διότι έχουν καταστραφεί έγγραφα και αφετέρου γιατί πολλά θύματα της χούντας δεν ζουν πια».
Η συμπεριφορά της Καθολικής Εκκλησίας κατά τη διάρκεια αυτής της σκοτεινής περιόδου στην Αργεντινή ήταν τέτοια, που το 2000 η θρησκευτική ηγεσία της χώρας προέβη σε μια δημόσια απολογία λέγοντας χαρακτηριστικά: «Θέλουμε να ομολογήσουμε ενώπιον του Θεού όλα τα σφάλματά μας».
Ο, 87χρονος σήμερα, αρχιπραξικοπηματίας Βιντέλα καταδικάστηκε το 2010 σε ισόβια κάθειρξη. Ο πρώην δικτάτορας υποστήριξε κατ’ επανάληψη ότι στη διάρκεια της χούντας του δεν έλαβε χώρα κανένας «βρόμικος» πόλεμος, ούτε έγιναν βασανισμοί και απαγωγές αντιφρονούντων οι οποίοι έμειναν στην ιστορία ως desaparecidos ( «ντεσαπαρεσίδος» – «εξαφανισμένοι» ) .
Σύμφωνα με τις οργανώσεις για τα ανθρώπινα δικαιώματα περίπου 40.000 άνθρωποι απήχθησαν, βασανίστηκαν ή δολοφονήθηκαν στη διάρκεια της δικτατορίας, από το 1976 έως το 1983. Πολλοί εξ αυτών πέθαναν στις διαβόητες «πτήσεις του θανάτου». Σύμφωνα με τον Βερμπίτσκι που διεξήγαγε τη μεγαλύτερη μέχρι σήμερα έρευνα πάνω σε αυτό το ζήτημα, οι δεσμοφύλακες έλεγαν στους κρατουμένους πως θα μεταφέρονταν σε κάποιο κέντρο στα νότια της χώρας και με πρόσχημα την ανάγκη εμβολιασμού, τους έκαναν την πρώτη ένεση με αναισθητικό ώστε να μην προβάλλον αντίσταση. Κατόπιν τους επιβίβαζαν σε αεροπλάνα κι εν πτήσει, οι στρατιωτικοί τους έκαναν και δεύτερη ένεση, με το ισχυρό ναρκωτικό Pentonal και μετά τα θύματα ρίχνονταν ζωντανά είτε στον ποταμό Ρίο ντε λα Πλάτα, είτε στον Ατλαντικό Ωκεανό.
Στελέχη της δικτατορίας Βιντέλα παραδέχθηκαν κατά καιρούς ότι έλαβαν χώρα τέτοιες πτήσεις, η ύπαρξη τους ωστόσο στοιχειοθετήθηκε για πρώτη φορά στο τέλος του 2011, όταν διαβιβάσθηκε στον ανακριτή ένας φάκελος που περιείχε 130 φωτογραφίες πτωμάτων που είχαν ξεβραστεί στις ακτές της Ουρουγουάης, με δεμένα τα πόδια και τα χέρια και σημάδια βασανιστηρίων. Κανείς δεν ξέρει πόσοι χάθηκαν με αυτήν την απάνθρωπη δολοφονική μέθοδο, ωστόσο οι εκτιμήσεις των ερευνητών κάνουν λόγο για περίπου 4.000 αργεντινούς αντιφασίστες.
