Με την πρώτη κιόλας ταινία του, «Ο έβδομος σύντροφος» («Sedmoy sputnik»), κινηματογραφική εκδοχή του μυθιστορήματος του Μπόρις Λαβρένεφ, ο Γκέρμαν βρέθηκε στο στόχαστρο της λογοκρισίας. Λογικό εφόσον η ιστορία τοποθετείται στο 1918 και αναφέρεται στην καταδίωξη από το σοβιετικό καθεστώς ενός δικηγόρου του στρατού του Τσάρου.
Οταν η γνωστότερη ίσως ταινία του Γκέρμαν, «Δίκη στον δρόμο» («Proverka na dorogakh») εμφανίστηκε το 1971, αμέσως απαγορεύθηκε. Θέμα της η αποστασία Ρώσων και Ουκρανών που προκειμένου να πολεμήσουν το καθεστώς του Ιωσήφ Στάλιν συμμάχησαν με τους Γερμανούς. Η ταινία κατάφερε να διανεμηθεί στην χώρα της όταν ο Μιχαίλ Γκορμπατσόφ ανέβηκε στην εξουσία.
Η διεθνής φήμη στην Δύση άρχισε να ακολουθεί τον Γκέρμαν το 1983 όταν σκηνοθέτησε την ταινία «Ο φίλος μου Ιβάν Λαπσίν». Η ταινία που στηρίζεται σε μυθιστόρημα του πατέρα του Γκέρμαν, συγγραφέα Γιούρι Γκέρμαν (1910- 1967), αναφέρεται στην προσπάθεια ενός επιθεωρητή της αστυνομίας να αντιμετωπίσει μια συμμορία κακοποιών. Καθότι όμως η ιστορία τοποθετείται στην περίοδο της σταλινικής τρομοκρατίας στην δεκαετία του 1930, η λογοκρισία της Ρωσίας μπλόκαρε την διανομή της. Παίχτηκε ωστόσο στο φεστιβάλ του Λοκάρνο όπου και βραβεύθηκε, ενώ τρία χρόνια αργότερα, μεταδόθηκε στην τηλεόραση.
Στο φεστιβάλ των Καννών του 1998, η προτελευταία ταινία του Αλεξέι Γκέρμαν «Κρουσταλιόφ, το αυτοκίνητό μου» («Khrustalyov, mashinu!»), μια παράξενη ασπρόμαυρη αλληγορία με φόντο τις τελευταίες μέρες ζωής του Στάλιν, είχε παιχτεί εντός συναγωνισμού και διεκδικήσει τον Χρυσό Φοίνικα.
Τα τελευταία χρόνια ο Αλεξέι Γκέρμαν εργαζόταν πάνω στην τελευταία ταινία του, «Trudno byt bogom» («Είναι δύσκολο να είσαι θεός»), η οποία σύμφωνα με τον γιο του (και επίσης σκηνοθέτη) Αλεξέι Γκέρμαν ΜΙ. είναι σχεδόν ολοκληρωμένη. Ο γιος του Γκέρμαν ανακοίνωσε στον τύπο τον θάνατο του πατέρα του.
