Γεννήθηκε στο Παρίσι το 1924. Ήταν κυρίως ψυχαναλυτής, άνθρωπος των γραμμάτων (agrege φιλοσοφίας, διδάκτωρ ψυχολογίας, διευθυντής ερευνών στο εθνικό Ίδρυμα Ερευνών της Γαλλίας), δοκιμιογράφος και μυθιστοριογράφος, διευθυντής και επιμελητής εκδοτικών σειρών στον οίκο «Gallimard» αλλά και ο βασικός συντελεστής στη μετάφραση του φροϋδικού έργου στα γαλλικά.
Υπήρξε αναλυόμενος του Λακάν και συνδέθηκε στενά με τον Μερλό-Ποντί και τον Ζαν-Πολ Σαρτρ. Αποτέλεσε κεντρική μορφή στην ιστορία του γαλλικού ψυχαναλυτικού κινήματος και στις εξελίξεις που οδήγησαν, μετά τη ρήξη με τον Λακάν, στην ίδρυση της Ψυχαναλυτικής Ένωσης Γαλλίας (Α.Ρ.F.) το 1964, όπου διετέλεσε γραμματέας και πρόεδρος.
Η διεθνής απήχηση του έργου του οφείλεται κυρίως στο ιστορικό, πλέον, «Λεξιλόγιο της ψυχανάλυσης» (1967, έχει κυκλοφορήσει στα ελληνικά από τις εκδόσεις Κέδρος το 1995), το οποίο συνέγραψε με τον Ζαν Λαπλάνς, αλλά και στην έκδοση της περίφημης «Nouvelle revue de psychanalyse» (1970-1994), που την διηύθυνε μέχρι το τέλος της.
Το αυτοβιογραφικό του έργο «Η αγάπη των απαρχών» (βραβείο Femina-Vacaresco) έχει μεταφραστεί σε πέντε γλώσσες. Ο Ζαν-Μπερτράν Πονταλίς τιμήθηκε το 2006 με το Βραβείο Medicis για το δοκίμιό του «Frere du precedent» (στα ελληνικά κυκλοφόρησε το 2009 με τον τίτλο «Αδελφός του προηγουμένου» από τις εκδόσεις της Εστίας).
Στα ελληνικά έχουν κυκλοφορήσει επίσης τα βιβλία του «Η δύναμη της έλξης» (Σμίλη, 2000) και τα «Παράθυρα» (Εστία, 2006).