Προκαταρκτική έρευνα από την Eισαγγελία της Αθήνας διετάχθη προκειμένου να διερευνηθούν οι καταγγελίες για τη δομή που έρχονται στο φως για την Κιβωτό του Κόσμου, μετά την αποκάλυψη πως έχει ξεκινήσει έρευνα για σεξουαλική κακοποίηση ανηλίκου αλλά και για ζητήματα διαβίωσης και διαχείρισης.
Στο επίκεντρο της αστυνομικής έρευνας βρίσκεται προβεβλημένο στέλεχος της ΜΚΟ. Ερευνώνται καταγγελίες πως είχε κακοποιήσει σεξουαλικά αγόρια σε δομές που διατηρεί η Κιβωτός του Κόσμου. Η πρώτη καταγγελία έγινε στον Συνήγορο του Πολίτη, κρίθηκε σοβαρή και η εισαγγελία διέταξε προκαταρκτική έρευνα.
